菏泽医学专科学校创建于1950年冬,其前身是平原省卫生学校,由菏泽专员公署卫生科主办。


  1953年,平原省撤消,菏泽地区划归山东省管辖,学校名称改为山东省菏泽初级卫生学校。


  1955年下半年,学校由初级卫生学校升为中级卫生学校,学校名称改为山东省菏泽卫生学校。当年12月正式招收初中毕业生,学制三年。


  1958年,经山东省人民政府批准,将菏泽卫生学校升格为专科学校,改建为“山东省菏泽地区医学专科学校”,学制五年,医疗专业招收初中起点毕业生,同时也招收中专学生。


  1962年,停办大专,改办中专。


  1969年,受文化大革命的影响,学校被撤消


  1970年,学校恢复招生,并由中专升格为专科学校,命名为菏泽地区医学专科学校,招收二年制工农兵学员。


  1973年,改办中专,学校名称为菏泽地区卫生学校。


  1978年1月,经国务院批准,菏泽地区卫生学校恢复为专科学校,改名为菏泽医学专科学校,校名沿用至今。