中医药系学生会在中医药系党总支的领导下，在团总支的具体指导下开展工作。中医药系学生会目前设置办公室、体育部、文宣部、新媒体部四个部门。

    办公室主要职责：负责学生会日常事务的搜集整理；负责会议记录；负责各部门的绩效评定。

    体育部主要职责：负责组织、策划、开展系部内的篮球赛、足球赛、趣味运动会、拔河比赛等体育活动，并选拔优秀体育人才参加校级比赛；负责早操、升旗等团体活动的秩序维护。

    文宣部主要职责：负责组织、策划、开展系部内的书法、绘画、朗诵、演讲、情景剧、解剖图谱大赛、学霸笔记比赛等丰富多样的文体比赛，并选拔优秀的人才参加校级、市级比赛。

    新媒体部主要职责：负责中医药系官方媒体“菏医杏林记事”微信公众号、视频号、抖音号的运营；负责开展线上vlog比赛、摄影大赛等多种主题的线上活动；负责中医药系学生活动的宣传。