基础医学部前身为2005年成立的基础部，2014年3月正式更名为基础医学部。本部主要负责全校医学基础类课程教学任务，内设9个教研室，分别为解剖学教研室、生理学教研室、药理学教研室、心理学教研室、病理学教研室、生物化学教研室、组织学与胚胎学教研室、遗传学教研室、微生物与免疫学教研室；配套建设3个实验中心，即形态一实验中心、形态二实验中心、机能与分子生物学实验中心。

实验室配置齐全，包含系统解剖实验室10间、局部解剖实验室4间、虚拟仿真实验室6间、信息化实验室6间、人体功能实验室2间、心理实验室3间、分析实验室6间、显微数码互动室8间、普通显微镜室1间、切片准备室1间。此外，系部设有山东省高职院校唯一的遗体捐献接收站。

系部现有专任教师72名，其中正高级职称6人、副高级职称25人，博士9人。系部汇聚了省级教学团队、校级教学名师、优秀教师、科技创新团队等一批在省内外具有较高知名度的专家与教学骨干。